原則的取り扱い
個人事業税は、納期の開始の日又は実際に納付した日の属する年分の必要経費に算入することができます（所得税法基本通達37-6）。
また、税務調査を受けた個人が過去数年分の所得金額の更正を受けた場合においては、都道府県から追加決定処分があった年分の必要経費とすることとなります。
法人成りした場合の事業税の取り扱い
事業税を課税される事業を営む個人が法人成りにより事業を廃止した場合、翌年度に課税される事業税については、上記にかかわらず、翌年度の事業税課税見込額を廃止年分の所得の金額の計算上必要経費に算入することができることとなっています。
事業税課税見込額は、次の算式により計算します。
（（廃止事業年分の事業所得金額－290万円×事業期間（月））/12月×事業税率）/（1＋事業税率）
（注）290万円は、事業廃止までの期間に係る法人成りした年分の事業主控除を計算しますが、1,000円未満の端数は切り上げます。
法人成りした場合の事業税の取り扱い例外
しかい、前記の課税見込額を廃業した年度に必要経費に計上しなかった場合、廃業年度の事業税について納付が確定したときにおいて事業を廃止した年度分の事業所得の金額から控除することとなります（所得税法63条）。
したがって、所得税法152条の規定により廃業年度分の事業税を納付することが確定した日から2月以内に更正の請求をすることとなります。
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